การรดน้ำเป็นหนึ่งในงานหลักในการจัดการสำหรับต้นบอนไซ การรดน้ำดูเหมือนง่าย แต่การรดน้ำให้ถูกต้องไม่ใช่เรื่องง่าย การรดน้ำควรดำเนินการตามพันธุ์พืช การเปลี่ยนแปลงตามฤดูกาล ระยะเวลาการเจริญเติบโต ระยะเวลาออกดอก ระยะเวลาพักตัว และสภาพอากาศของพืช การควบคุมเวลาและปริมาณการรดน้ำเป็นสิ่งสำคัญมากสำหรับการเจริญเติบโตของพืช การตายของต้นบอนไซบางชนิดเกี่ยวข้องโดยตรงกับการรดน้ำที่ไม่เหมาะสม

นอกจากการให้น้ำและสารอาหารแก่พืชในกระถางแล้ว ดินในกระถางยังช่วยรักษาการหายใจของอากาศตามปกติของพืชอีกด้วย เมื่อดินหม้อมีความชื้นเพียงพอ อนุภาคของดินจะขยายตัว บีบอากาศในช่องว่างระหว่างอนุภาคออกไป ทำให้ดินหม้อขาดอากาศ เมื่อดินหม้อแห้งหรือค่อนข้างแห้ง อนุภาคของดินจะหดตัว ปริมาตรจะเล็กลง และช่องว่างระหว่างอนุภาคจะปรากฏขึ้นอีกครั้ง ช่องว่างเต็มไปด้วยอากาศ

เมื่อดินเปลี่ยนระหว่างแห้งและเปียก อากาศในดินกระถางก็จะหมุนเวียนอย่างต่อเนื่อง ทำให้รากพืชหายใจได้ตามปกติ หลังจากการรดน้ำแต่ละครั้ง รากของพืชจะสามารถทนต่อการขาดออกซิเจนในดินกระถางได้ภายในระยะเวลาอันสั้น อย่างไรก็ตามหากดินหม้อเปียกเกินไปเป็นเวลานานส่งผลให้ขาดออกซิเจนเป็นเวลานานจะทำให้รากพังทลายและโรคอื่นๆ หากดินแห้งเป็นเวลานานถึงแม้จะมีออกซิเจนเพียงพอในดินหม้อ พืชก็ไม่สามารถดูดซับน้ำได้เป็นเวลานาน ซึ่งเป็นอันตรายต่อการเจริญเติบโตของพืชและอาจทำให้ต้นไม้ตายได้ ดังนั้นในการรดน้ำต้นบอนไซจึงควรปฏิบัติตามหลักการ "อย่ารดน้ำเมื่อแห้ง ให้รดน้ำให้ละเอียด"

การรดน้ำและการขาดน้ำของพืชไม่เพียงพอจะทำให้กิ่งเหี่ยวเฉาและร่วงหล่น และใบเหี่ยวเฉา เปลี่ยนเป็นสีเหลืองและร่วงหล่น ในกรณีของต้นสน เข็มจะนิ่มและสูญเสียความรู้สึกที่แข็งแกร่งและมีหนาม เมื่อการขาดแคลนน้ำรุนแรง เปลือกของกิ่งก้านจะหดตัวเหมือนขนลุก หากคุณประสบปัญหาเช่นนี้ในฤดูร้อน คุณควรย้ายต้นไม้ไปไว้ในที่ร่มทันที หลังจากอุณหภูมิลดลง ให้ฉีดน้ำบนใบก่อน จากนั้นเทน้ำเล็กน้อยลงในหม้อ แล้วเทน้ำให้ทั่วหลังจากผ่านไปหนึ่งชั่วโมง

สำหรับพืชที่ขาดน้ำอย่างรุนแรง อย่าให้น้ำเพียงพอในคราวเดียว เพราะเมื่อพืชขาดน้ำอย่างรุนแรง เปลือกรากจะหดตัวและอยู่ใกล้กับไซเลม หากจู่ๆ ก็มีน้ำปริมาณมาก ระบบรากจะขยายตัวเนื่องจากการดูดซึมน้ำอย่างรวดเร็ว ทำให้เยื่อหุ้มสมองแตก ส่งผลให้พืชตาย จึงจำเป็นต้องมีกระบวนการปรับตัวอย่างค่อยเป็นค่อยไป หลังจากที่พืชที่ขาดน้ำอย่างมากได้รับการบำบัดข้างต้นแล้ว วิธีที่ดีที่สุดคือเก็บไว้ใต้ร่มเงาสักสองสามวัน จากนั้นจึงปลูกไว้กลางแดดหลังจากที่ต้นไม้แข็งแรง อย่างไรก็ตามอย่าให้น้ำมากเกินไป นอกจากจะทำให้พืชเจริญเติบโตสูงชันส่งผลต่อรูปร่างของต้นไม้และมูลค่าไม้ประดับแล้ว การรดน้ำมากเกินไปยังทำให้รากเน่าและตายได้ง่ายอีกด้วย กระถางบอนไซจิ๋วต้องใช้ดินน้อยกว่า ดังนั้นการรดน้ำในเวลาที่เหมาะสมและในปริมาณที่เหมาะสมจึงเป็นสิ่งสำคัญอย่างยิ่ง