การรดน้ำเป็นหนึ่งในงานหลักในการจัดการต้นบอนไซ การรดน้ำดูเหมือนจะง่าย แต่การรดน้ำให้ถูกวิธีนั้นไม่ใช่เรื่องง่าย ควรรดน้ำตามชนิดของต้นไม้ การเปลี่ยนแปลงตามฤดูกาล ช่วงเวลาการเจริญเติบโต ช่วงเวลาออกดอก ช่วงเวลาพักตัว และสภาพอากาศของต้นไม้ การรดน้ำให้ถูกเวลาและปริมาณน้ำเป็นสิ่งสำคัญมากต่อการเจริญเติบโตของพืช การตายของต้นบอนไซบางชนิดเกี่ยวข้องโดยตรงกับการรดน้ำที่ไม่เหมาะสม

นอกจากจะจ่ายน้ำและสารอาหารให้กับต้นไม้ในกระถางแล้ว ดินในกระถางยังช่วยให้ต้นไม้หายใจได้ตามปกติอีกด้วย เมื่อดินในกระถางมีความชื้นเพียงพอ อนุภาคของดินจะขยายตัว บีบอากาศในช่องว่างระหว่างอนุภาคออกไป ทำให้ดินในกระถางขาดอากาศ เมื่อดินในกระถางแห้งหรือแห้งเล็กน้อย อนุภาคของดินจะหดตัว ปริมาตรจะเล็กลง และช่องว่างระหว่างอนุภาคก็ปรากฏขึ้นอีกครั้ง ช่องว่างดังกล่าวจะเต็มไปด้วยอากาศ

เมื่อดินเปลี่ยนจากแห้งเป็นเปียก อากาศในดินกระถางก็จะหมุนเวียนอย่างต่อเนื่อง ทำให้รากของต้นไม้สามารถหายใจได้ตามปกติ หลังจากรดน้ำแต่ละครั้ง รากของต้นไม้จะสามารถทนต่อการขาดออกซิเจนในดินกระถางได้ภายในระยะเวลาสั้นๆ อย่างไรก็ตาม หากดินกระถางเปียกเกินไปเป็นเวลานาน ส่งผลให้ขาดออกซิเจนในระยะยาว จะทำให้รากพังทลายและเกิดโรคอื่นๆ หากดินแห้งเป็นเวลานาน แม้ว่าจะมีออกซิเจนเพียงพอในดินกระถาง แต่ต้นไม้ก็ไม่สามารถดูดซับน้ำได้เป็นเวลานาน ซึ่งส่งผลเสียต่อการเจริญเติบโตของต้นไม้และอาจทำให้ต้นไม้ตายได้ ดังนั้น เมื่อรดน้ำต้นไม้บอนไซ ควรปฏิบัติตามหลักการ "อย่ารดน้ำเมื่อแห้ง ให้รดน้ำให้ทั่ว"

การรดน้ำและการขาดน้ำของพืชไม่เพียงพอจะทำให้กิ่งเหี่ยวเฉาและห้อยย้อย และใบเหี่ยวเฉา เปลี่ยนเป็นสีเหลือง และร่วงหล่น ในกรณีของต้นสน เข็มจะอ่อนลงและสูญเสียความรู้สึกที่แข็งแรงและแหลมคม เมื่อขาดน้ำอย่างรุนแรง เปลือกของกิ่งจะหดตัวเหมือนขนลุก หากคุณพบสถานการณ์นี้ในฤดูร้อน คุณควรย้ายต้นไม้ไปไว้ในที่ร่มทันที หลังจากอุณหภูมิลดลง ให้ฉีดน้ำที่ใบก่อน จากนั้นเทน้ำเล็กน้อยลงในกระถาง แล้วจึงเทน้ำให้ทั่วหลังจากผ่านไปหนึ่งชั่วโมง

สำหรับพืชที่ขาดน้ำอย่างรุนแรง อย่าให้น้ำเพียงพอในครั้งเดียว เพราะเมื่อพืชขาดน้ำอย่างรุนแรง เปลือกรากจะหดตัวและอยู่ใกล้กับไซเลม หากได้รับน้ำในปริมาณมากอย่างกะทันหัน ระบบรากจะขยายตัวเนื่องจากการดูดซึมน้ำอย่างรวดเร็ว ทำให้เปลือกแตกร้าว ส่งผลให้พืชตาย ดังนั้นจำเป็นต้องมีกระบวนการปรับตัวอย่างค่อยเป็นค่อยไป หลังจากที่พืชที่ขาดน้ำอย่างรุนแรงได้รับการบำบัดข้างต้นแล้ว ควรเก็บรักษาไว้ในโรงเรือนร่มเงาเป็นเวลาสองสามวัน จากนั้นจึงนำไปปลูกในที่ที่มีแสงแดดหลังจากที่พืชแข็งแรง อย่างไรก็ตาม อย่าให้น้ำมากเกินไป นอกจากจะทำให้พืชเติบโตอย่างรวดเร็ว ส่งผลต่อรูปทรงของต้นไม้และคุณค่าในการประดับแล้ว การรดน้ำมากเกินไปยังทำให้รากเน่าและตายได้ง่ายอีกด้วย กระถางบอนไซจิ๋วต้องการดินน้อยกว่า ดังนั้นจึงสำคัญเป็นพิเศษที่จะต้องรดน้ำในเวลาที่เหมาะสมและในปริมาณที่เหมาะสม